Sejarah penubuhan Jabatan Bendahari UPSI bermula seawal penubuhan UPSI iaitu sekitar bulan Julai tahun 1997.  En. Yusof bin Semahil, Timbalan Bendahari Universiti Putra Malaysia, Cawangan Terengganu telah dipinjamkan ke UPSI untuk menubuhkan Jabatan Bendahari UPSI.  Beliau kemudiannya telah menjadi Bendahari pertama di Jabatan Bendahari UPSI.  Sebagai peneraju penubuhan Jabatan Bendahari banyak perkara penting yang telah beliau lakukan untuk memastikan operasi UPSI di peringkat awal berjalan dengan lancar.

En. Yusof telah mengambil inisiatif untuk merangka Peraturan Kewangan dan Perakaunan UPSI yang menjadi asas dan rujukan aktiviti perakaunan serta pengurusan kewangan UPSI.  Ia terus diguna pakai dalam pengurusan kewangan UPSI sehingga sekarang.

Selain daripada merangka Peraturan Kewangan dan Perakaunan UPSI, antara perkara awal yang dilakukan oleh En. Yusof adalah mencari sistem perakaunan berkomputer yang sesuai untuk merekod dan memproses operasi perakaunan Jabatan Bendahari.  Sistem perakaunan yang mula-mula digunakan di Jabatan Bendahari pada tahun 1997 ialah Integrated Accounting Systems (INTACs) yang dibekalkan oleh syarikat NK Systems Sdn. Bhd.  Sistem ini banyak membantu operasi Jabatan Bendahari dan ia sentiasa diperkemas dan dipertingkatkan dari semasa ke semasa.

Pada 16 Disember 1997 Pn. Khadijah binti Hamdan telah melapor diri sebagai Timbalan Bendahari UPSI dan kedatangannya ke Jabatan ini telah memantapkan lagi operasi Jabatan Bendahari.  Beliau bertanggungjawab membantu En. Yusof dalam mentadbir Jabatan Bendahari UPSI.  Sebelum berhijrah ke UPSI, beliau merupakan seorang Penolong Bendahari di Jabatan Bendahari, Universiti Putra Malaysia (UPM).  Pengalaman dan ilmu yang diperolehi oleh beliau di UPM banyak digunakan untuk menyusun pentadbiran dan operasi keseluruhan Jabatan Bendahari agar dapat berjalan dengan lebih lancar.  En. Yusof dan Pn. Khadijah banyak mempraktikkan prosedur, borang-borang dan sistem kerja yang diamalkan di UPM ke Jabatan Bendahari UPSI kerana sistem kerja tersebut telah terbukti berkesan dilaksanakan di UPM.

Bermula Julai 1997, terdapat pembayaran seperti gaji, bekalan dan kerja-kerja penyelenggaraan yang mula dibayar oleh Jabatan Bendahari UPSI. Susulan daripada itu pengkhususan kerja dan pemecahan tugas dibuat dari semasa ke semasa bagi membolehkan pentadbiran dan pengurusan Jabatan Bendahari berjalan dengan lebih lancar sesuai dengan pembangunan UPSI sendiri yang berkembang dengan kadar yang pantas.

Mulai tahun 2005, Jabatan Bendahari menggunakan sistem maklumat kewangan bersepadu yang dinamakan UPSI Integrated Management System-Financial Information System  (UIMS-FIS) atau Sistem Pengurusan Bersepadu UPSI yang mengintegrasikan semua sistem pengurusan  yang ada termasuklah sistem kewangan, sistem maklumat pelajar, sistem gaji dan sebagainya dalam satu sistem induk.

Sistem Pengurusan Bersepadu mempunyai tujuh (7) aplikasi utama iaitu :-

• Sistem Maklumat Akademik dan Rekod Pelajar
• Sistem Maklumat Kewangan
• Sistem Maklumat Pentadbiran dan Sumber Manusia
• Sistem Maklumat Pembangunan dan Pengurusan Harta Benda
• Sistem Maklumat Pelajar Siswazah
• Sistem Maklumat Portal Komuniti
• Sistem Maklumat Pembelajaran Elektronik 

Sistem Maklumat Kewangan (UIMS-FIS) merupakan salah satu aplikasi dalam Sistem Maklumat Bersepadu dan merupakan aplikasi yang paling awal dilaksanakan secara menyeluruh iaitu pada 2 Januari 2005. Ia mengandungi 11 modul iaitu:-

1. Belanjawan (Budgeting)
2. Pembelian / Perolehan(Purchasing)
3. Pembayaran (Account Payable)
4. Penerimaan (Account Receivable)
5. Pengurusan Harta Tetap /Inventori (Asset/Inventory)
6. Pengurusan Stor (Store Management)
7. Lejer Am (General Ledger)
8. Pengurusan Tunai (Cash Management)
9. Pinjaman (Loan Management)
10. Gaji
11. Sistem Maklumat Pengurusan (MIS) 

Ianya memenuhi standard-standard yang ditetapkan dalam Sistem Perakaunan Standard bagi Agensi-agensi Kerajaan  (SAGA). Sistem Maklumat Kewangan ini dapat memenuhi empat objektif berikut:- 

1. Menyediakan kemudahan penyelenggaraan satu set akaun yang lengkap dan terkini
2. Membolehkan akaun ditutup setiap hari
3. Menyediakan kemudahan perakaunan pengurusan kewangan dengan lebih baik
4. Menyediakan laporan-laporan kewangan pra-audit tepat pada masa yang ditetapkan 

Kini, Jabatan Bendahari ditadbir oleh seorang Bendahari iaitu Pn. Khadijah bt Hamdan dan dibantu oleh 2 Timbalan Bendahari, 8 Penolong Bendahari serta dianggotai oleh 42 kakitangan sokongan. Terdapat 8 unit mengikut bidang-bidang yang ditentukan iaitu :- 

1. Unit Pentadbiran, Kewangan & Kualiti,
2. Unit Pembayaran
3. Unit Aset, Stor dan Pembangunan
4. Unit Gaji, Cuti Belajar dan Ticketing
5. Unit Kump. Wang dan Pinjaman
6. Unit Pengurusan Perolehan dan Kontrak
7. Unit Akaun, MIS dan Bajet
8. Unit Kewangan Pelajar dan Kolej 

Pengemaskinian struktur pentadbiran dan pertambahan kakitangan ini telah memantapkan lagi pengurusan dan operasi Jabatan Bendahari untuk melangkah dengan lebih mantap meneroka cabaran-cabaran baru yang mendatang.

Dalam usaha meningkatkan automasi dan suasana kerja elektronik, Jabatan Bendahari telah memperkenalkan banyak aplikasi atas talian (online) kepada kakitangan di dalam MyUPSI Portal.  Cara ini telah dapat menjimatkan tenaga kerja, masa dan penggunaan kertas. Antara kemudahan yang boleh dinikmati oleh kakitangan Universiti melalui portal ialah :-

• Kemudahan Cetakan Slip Gaji dan Penyata Pendapatan (EC Form)
  Kakitangan UPSI boleh menyemak dan mencetak serta menyimpan secara softcopy Slip Gaji dan Penyata Pendapatan (EC Form) setiap bulan dan tahun.
• Semakan status tuntutan pembayaran melalui MyUPSI Portal
  Kakitangan UPSI boleh menyemak dan mengetahui status tuntutan pembayaran sama ada dibuat menggunakan cek atau pindahan elektronik di  MyUPSI Portal.
• Permohonan kemudahan pinjaman kerajaan untuk komputer dan kenderaan dan semakan baki pinjaman.
  Kakitangan UPSI boleh membuat permohonan secara atas talian (online) bagi kemudahan pinjaman kerajaan untuk komputer dan kenderaan. Status permohonan juga boleh disemak di MyUPSI Portal setelah permohonan diproses oleh Jabatan Bendahari. Kakitangan boleh membuat pengiraan ansuran bulanan bagi pinjaman sama ada komputer atau kenderaan di MyUPSI Portal. Kakitangan UPSI boleh membuat semakan baki pinjaman kenderaan atau komputer sedia ada di MyUPSI Portal.
• Permohonan tuntutan panjar wang runcit online
  UPSI perlu membuat permohonan tuntutan panjar wang runcit secara atas talian (online). Semakan permohonan boleh disemak di MyUPSI Portal setelah permohonan diproses oleh Jabatan Bendahari.
• Permohonan bantuan zakat online
  Kakitangan dan pelajar UPSI boleh membuat permohonan bantuan zakat secara atas talian (online) melalui MyUPSI Portal.
• Permohonan tuntutan kerja lebih masa online
  Kakitangan perlu membuat tuntutan kerja lebih masa melalui MyUPSI Portal dan setiap tuntutan perlu mempunyai arahan kerja daripada pegawai yang bertanggungjawab.
• Permohonan tuntutan perjalanan kakitangan online
  Kakitangan perlu membuat tuntutan bayaran perjalanan dan pelbagai melalui MyUPSI Portal. Semakan status permohonan boleh disemak di MyUPSI Portal setelah permohonan diserahkan kepada Jabatan Bendahari.
• Permohonan tuntutan pendahuluan diri online

Kakitangan perlu membuat tuntutan pendahuluan diri melalui MyUPSI Portal. Semakan status permohonan boleh disemak di MyUPSI Portal setelah permohonan diserahkan kepada Jabatan Bendahari.

Dari semasa ke semasa Jabatan Bendahari akan terus memperkenalkan inovasi pengurusan kewangan melalui aplikasi MyUPSI portal. Jabatan Bendahari komited dalam usaha memberi perkhidmatan terbaik kepada para pelanggan dan berusaha gigih untuk meningkatkan mutu perkhidmatan yang diberikan.