Sejarah penubuhan Jabatan Bendahari UPSI bermula seawal penubuhan UPSI pada bulan Julai tahun 1997.  En. Yusof bin Semahil, Timbalan Bendahari Universiti Putra Malaysia, Cawangan Terengganu telah dipinjamkan ke UPSI untuk menubuhkan Jabatan Bendahari UPSI.  Beliau kemudiannya telah menjadi Bendahari pertama di Jabatan Bendahari UPSI.  Sebagai peneraju penubuhan Jabatan Bendahari banyak perkara penting yang telah beliau lakukan untuk memastikan operasi UPSI di peringkat awal berjalan dengan lancar. En. Yusof telah mengambil inisiatif untuk merangka Peraturan Kewangan dan Perakaunan UPSI yang menjadi asas dan rujukan aktiviti perakaunan serta pengurusan kewangan UPSI.  Ia terus diguna pakai dalam pengurusan kewangan UPSI sehingga sekarang. Selain daripada merangka Peraturan Kewangan dan Perakaunan UPSI, antara perkara awal yang dilakukan oleh En. Yusof adalah mencari sistem perakaunan berkomputer yang sesuai untuk merekod dan memproses operasi perakaunan Jabatan Bendahari.  Sistem perakaunan yang mula-mula digunakan di Jabatan Bendahari pada tahun 1997 ialah Integrated Accounting Systems (INTACs) yang dibekalkan oleh syarikat NK Systems Sdn. Bhd.  Sistem ini banyak membantu operasi Jabatan Bendahari dan ia sentiasa diperkemas dan dipertingkatkan dari semasa ke semasa. Pada 16 Disember 1997 Pn. Khadijah binti Hamdan telah melapor diri sebagai Timbalan Bendahari UPSI dan kedatangannya ke Jabatan ini telah memantapkan lagi operasi Jabatan Bendahari.  Beliau bertanggungjawab membantu En. Yusof dalam mentadbir Jabatan Bendahari UPSI.  Sebelum berhijrah ke UPSI, beliau merupakan seorang Penolong Bendahari di Jabatan Bendahari, Universiti Putra Malaysia (UPM).  Pengalaman dan ilmu yang diperolehi oleh beliau di UPM banyak digunakan untuk menyusun pentadbiran dan operasi keseluruhan Jabatan Bendahari agar dapat berjalan dengan lebih lancar.  En. Yusof dan Pn. Khadijah banyak mempraktikkan prosedur, borang-borang dan sistem kerja yang diamalkan di UPM ke Jabatan Bendahari UPSI kerana sistem kerja tersebut telah terbukti berkesan dilaksanakan di UPM. Bermula Julai 1997, terdapat pembayaran seperti gaji, bekalan dan kerja-kerja penyelenggaraan yang mula dibayar oleh Jabatan Bendahari UPSI. Susulan daripada itu pengkhususan kerja dan pemecahan tugas dibuat dari semasa ke semasa bagi membolehkan pentadbiran dan pengurusan Jabatan Bendahari berjalan dengan lebih lancar sesuai dengan pembangunan UPSI sendiri yang berkembang dengan kadar yang pantas. Mulai tahun 2005, Jabatan Bendahari menggunakan sistem maklumat kewangan bersepadu yang dinamakan UPSI Integrated Management System-Financial Information System  (UIMS-FIS) atau Sistem Pengurusan Bersepadu UPSI yang mengintegrasikan semua sistem pengurusan  yang ada termasuklah sistem kewangan, sistem maklumat pelajar, sistem gaji dan sebagainya dalam satu sistem induk. Sistem Pengurusan Bersepadu mempunyai tujuh (7) aplikasi utama iaitu :-

• Sistem Maklumat Akademik dan Rekod Pelajar
• Sistem Maklumat Kewangan
• Sistem Maklumat Pentadbiran dan Sumber Manusia
• Sistem Maklumat Pembangunan dan Pengurusan Harta Benda
• Sistem Maklumat Pelajar Siswazah
• Sistem Maklumat Portal Komuniti
• Sistem Maklumat Pembelajaran Elektronik (MyGuru)

Sistem Maklumat Kewangan (UIMS-FIS) yang lebih dikenali sebagai MyFIS merupakan salah satu aplikasi dalam Sistem Maklumat Bersepadu dan merupakan aplikasi yang paling awal dilaksanakan secara menyeluruh iaitu pada 2 Januari 2005. Ia mengandungi 11 modul iaitu:-

1. Belanjawan (Budgeting)
2. Pembelian / Perolehan(Purchasing)
3. Pembayaran (Account Payable)
4. Penerimaan (Account Receivable)
5. Pengurusan Harta Tetap /Inventori (Asset/Inventory)
6. Pengurusan Stor (Store Management)
7. Lejer Am (General Ledger)
8. Pengurusan Tunai (Cash Management)
9. Pinjaman (Loan Management)
10. Gaji
11. Sistem Maklumat Pengurusan (MIS)

Ianya memenuhi standard-standard yang ditetapkan dalam Sistem Perakaunan Standard bagi Agensi-agensi Kerajaan  (SAGA) dan telah mendapat Sijil Pematuhan SAGA daripada Jabatan Akauntan Negara Malaysia pada 31 Mei 2012. Sistem Maklumat Kewangan ini dapat memenuhi empat objektif berikut:-

1. Menyediakan kemudahan penyelenggaraan satu set akaun yang lengkap dan terkini
2. Membolehkan akaun ditutup setiap hari
3. Menyediakan kemudahan perakaunan pengurusan kewangan dengan lebih baik
4. Menyediakan laporan-laporan kewangan pra-audit tepat pada masa yang ditetapkan.

Mulai 16 Januari 2020, Jabatan Bendahari telah menggunapakai sistem kewangan baharu yang dibangunkan menggunakan platform sumber terbuka iaitu PHP. Banyak penambahbaikan dan inovasi baru yang diperkenalkan dalam sistem kewangan baharu UPSI yang dinamakan MyFIS Neo ini. Sistem ini lebih terkini teknologinya, rendah kos dan lebih mesra pengguna. Pn. Hjh. Khadijah binti Hamdan telah dilantik menjadi Bendahari UPSI pada 7 Ogos 2003 menggantikan En. Yusof bin Semahil yang bersara wajib pada tahun 2003. Beliau telah berkhidmat sebagai Bendahari UPSI selama 16 tahun dan telah bersara pada 5 Ogos 2019. Kini, Jabatan Bendahari diterajui oleh Bendahari iaitu Tn. Hj. Mohamad Najib bin Hj. Mohamed dan dibantu oleh 1 Timbalan Bendahari Kanan, 3 Timbalan Bendahari, 6 Penolong Bendahari serta dianggotai oleh 52 kakitangan sokongan. Terdapat 9 unit mengikut bidang-bidang yang ditentukan iaitu :-

1. Unit Pentadbiran, Kewangan & Kualiti
2. Unit Pembayaran
3. Unit Aset, Stor dan Pembangunan
4. Unit Gaji, Cuti Belajar dan Ticketing
5. Unit Governan, Kumpulan Wang & Pinjaman
6. Unit Perolehan dan Pengurusan Kontrak
7. Unit Akaun dan Bajet
8. Unit Kewangan Pelajar
9. Unit Penjanaan, Risiko & Sistem

Pengemaskinian struktur pentadbiran dan pertambahan kakitangan ini telah memantapkan lagi pengurusan dan operasi Jabatan Bendahari untuk melangkah dengan lebih mantap meneroka cabaran-cabaran baru yang mendatang. Dalam usaha meningkatkan automasi dan suasana kerja elektronik, Jabatan Bendahari telah memperkenalkan banyak aplikasi atas talian (online) kepada kakitangan seperti yang terdapat di aplikasi MyUPSI Portal dan Sistem MyFIS Neo. Jabatan Bendahari akan terus berusaha meningkatkan lagi mutu penyampaian perkhidmatan kepada semua pelanggan dengan memperkenalkan inovasi-inovasi baru, peluang penjimatan dan penjanaan pendapatan kepada UPSI.  Jabatan Bendahari UPSI akan terus komited untuk meningkatkan kecemerlangan perkhidmatan dan menerajui pengurusan kewangan Universiti yang unggul dan berinovatif.